Lancé en 1982 pour porter la stratégie née de la loi de 1976 relative à la protection de la nature, l’inventaire ZNIEFF est le socle national de la connaissance de la biodiversité remarquable, rare ou protégée. A l’échelle d’une zone, il s’agit d’un inventaire autant que d’une expertise de valeur du patrimoine naturel. A l’échelle des territoires, c’est un atlas des espaces à enjeu. Avec près de 25 % du territoire métropolitain reconnu comme tel en 1995 et presque 29% aujourd'hui, il s’est également révélé être un outil indispensable pour la décision, la planification, mais aussi la prévention en matière d’aménagement du territoire, utilisé par les pouvoirs publics comme par les acteurs privés.
Depuis le lancement de l’inventaire, l'UMS-2006-PatriNat est responsable de son cadrage scientifique par la production et le suivi de la méthodologie nationale. L'unité assure la validation scientifique et technique qui assure la cohérence nationale du dispositif. Elle gère également les informations du programme par la production de l’interface de saisie et leur diffusion via l’INPN, rendant l’information accessible à tous.
La connaissance et les prises de consciences amenant toujours plus d’exigences et de besoins, l’inventaire des ZNIEFF se renouvelle périodiquement. Pour ce faire, le MEDDE a confié à l'UMS l’animation du comité de pilotage et des groupes de travail. Sous la direction du Bureau de la connaissance et de la stratégie nationale pour la biodiversité du Ministère, et en étroite collaboration avec les DREAL ainsi que des CSRPN, une méthodologie amendée et adaptée à un inventaire permanent sur le territoire national et continu sur chaque Znieff a été définie et réalisée.