Depuis 2003, le SPN développe le référentiel taxonomique national TAXREF pour la fonge, la flore et la faune continentale et marine de France métropolitaine et d’outre-mer qui liste les noms scientifiques et vernaculaires de l’ensemble des êtres vivants présents sur le territoire français.
Le SPN assure la gestion bibliographique, le suivi des modifications apportées au référentiel et les problématiques de gestion de données pour garantir la cohérence et la rigueur du référentiel et de l'utilisation qui en est faite. L'objectif est de partager au niveau national un langage commun pour la désignation des taxons de France afin d’établir un socle nécessaire au partage des données. Ainsi, TAXREF qui est élaboré dans le cadre de l’INPN, est reconnu comme le référentiel officiel du Système d’Information sur la Nature et les Paysages (SINP). Grâce à l’utilisation de normes communes, et en lien avec les référentiels européens et internationaux, TAXREF est l’outil indispensable pour la gestion de l’information naturaliste nationale.