Depuis 1979, à la demande du Ministère chargé de l'Environnement, le Muséum national d'Histoire naturelle coordonne la collecte et organise la synthèse des données sur la faune et la flore de France métropolitaine et d'outre-mer.
Le SPN organise et diffuse ces données dans le cadre de l’Inventaire national du Patrimoine naturel (INPN) et via l’édition d’atlas de répartition. Les inventaires nationaux sont des projets fédérateurs pour la communauté naturaliste et apportent une connaissance élémentaire et essentielle du patrimoine naturel. Les atlas, produits finis de la démarche d’inventaire, constituent une base indispensable pour définir la rareté relative des espèces, évaluer leur risque de disparition, définir des « hotspots » de biodiversité, définir et évaluer la pertinence des réseaux d’espaces protégés, modéliser les effets des changements climatiques, etc. Leur analyse permet d’évaluer l’état du patrimoine naturel et d'orienter les politiques de gestion de la nature, tant au niveau régional que national.
L’inventaire de la faune, de la flore et des habitats de France est l’une des missions majeures du SPN pour la métropole et l’outre-mer. Le travail de collecte de données est une tâche continue à laquelle de nombreux acteurs peuvent contribuer : organismes de recherche, associations, sociétés savantes, particuliers, etc. Mais d’autres programmes et travaux scientifiques participent aussi indirectement à cette collecte, comme certains inventaires d’espaces naturels ou des programmes spécifiques de connaissance (ATBI Mercantour, carHaB, carnet B, ABC, programmes de science participative, etc.).
L'inventaire national des crustacés décapodes a été lancé en 1990. Il consiste à répertorier dans le temps (inventaire diachronique) et dans l'espace (France métropolitaine) les crustacés présents dans les eaux douces de la zone continentale et dans les mers proches des côtes françaises. Il permet d’améliorer le référentiel taxonomique et de mettre à jour les cartes départementales et sectorielles marines des 402 espèces concernées.
Le SPN s’est associé à l’Office pour les insectes et leur environnement (Opie) pour lancer, en 2012, l’inventaire national des coléoptères saproxyliques (intitulé SAPROX). Cet inventaire permet de produire des cartes de présence complètes sur l’ensemble de la métropole pour les quelques 2000 espèces de coléoptères concernées. A terme, les informations acquises doivent permettre de mieux prendre en compte ce groupe d’insectes dans la gestion de l’écosystème forestier.
Cet inventaire, lancé en novembre 2011, a pour objectif de présenter la répartition géographique des espèces de papillons de jour en France, mais également de compléter les connaissances en termes de taxonomie, de biologie et d’écologie. Le référentiel taxonomique et le cadre méthodologique pour cet inventaire sont finalisés et la collecte de données s’adresse à toutes personnes, professionnels ou particuliers, experts ou non.
Cet inventaire débuté en 2004 a été relancé fin 2014 en vue de la publication en 2017 d’un atlas regroupant les 479 espèces terrestres et les 306 espèces aquatiques de France. Pour ce faire les membres du réseau de malacologues français seront mobilisés lors de phases de terrain, ainsi que les nombreuses données des Collections du MNHN.
Le SPN a participé activement à la finition de la publication du nouvel atlas des Amphibiens et Reptiles de France métropolitaine coordonné par la Société herpétologique de France (SHF). Cet ouvrage scientifique, richement illustré, marque un progrès considérable de nos connaissances sur la répartition des 34 espèces d’Amphibiens et les 39 espèces de Reptiles vivant en métropole, Corse comprise.
Ce vaste projet a été lancé fin 2011 dans le but d’actualiser les données publiées dans le précédent ouvrage datant de 1984. Par ailleurs, il inclut désormais l’outre-mer. Un effort de communication important a été réalisé par le SPN afin de mobiliser l’ensemble des réseaux d’acteurs pour rassembler des données. L’ouvrage sera publié conjointement avec la Société française d’étude et de protection des mammifères (SFEPM).
L’objectif de cet Atlas de la biodiversité départementale et des secteurs marins (ABDSM) est d’obtenir des cartes nationales de répartition géographique actuelle de la faune et de la flore de France sous la forme d’une qualification de la présence ou de la probable absence par département. L’ABDSM est un moyen permettant la réalisation de cartes de répartition synthétiques en attendant une cartographie plus fine sans pour autant se substituer aux inventaires déjà existants. C’est aussi un outil puissant pour contrôler la vraisemblance chorologique de données. Une application web a été développée par le SPN permettant aux experts de renseigner sur les informations de répartition. Grâce à l’application, plus de 1000 cartes ont été élaborées et validées, celles-ci étant consultables sur le site de l’INPN.